显微镜实验室主要承担地学院的“显微构造地质学”、海洋学院的“海洋地质学”、“岩石学（含晶体光学）”、“岩石薄片鉴定与地质分析”、“海洋微体化石”及材料学院的“晶体光学实验”等课程的上镜实习任务。其主要是培养学生认识、掌握矿物、岩石、微体化石及地质构造在显微镜下观察、描述的方法。

 显微镜实验室可开设实验项目42个。